SANO开发的全基因组重排测序技术，一次性对全基因组范围内结构变异进行高效筛查，全景分析重排状态，有效发现肿瘤未知融合基因。与其他NGS方法相比，允许在较低的测序深度高效检测基因组的结构变异；

SANO和苏州大学联合创办的苏州大学-苏州精准肿瘤分子病理研究院（AMPI），致力于将临床发现的问题，通过分子病理技术及实验室的基础研究，转化为真正能够指导临床诊断与治疗的成果。覆盖的基础研究包括基因功能，信号通路，药敏药效和临床前研究等多个方面。

79岁女性患者，临床初步诊断为AML，送样至苏州精准医疗科技公司进行分子病理综合检测，以进一步明确诊断、评估预后和确定治疗方案。

46,XX,der(3)t(3;13)(p25;q13)del(3)(q13),der(13)t(3;13)(q13;q13)[10]

核型检测到3号和13号染色体长臂相互易位。

全基因组重排测序发现CMSS1::FLT1 融合（上图），同时一代测序证实存在CMSS1::FLT1 融合转录本（下图）。

构建融合基因表达细胞株，确定融合蛋白在胞质中表达。

研究表明CMSS1::FLT1 融合导致FLT1酪氨酸激酶的磷酸化和下游靶点MAPK表达增加，从而促进细胞增值。该细胞系对VEGFR抑制剂阿西替尼(Axitinib)的敏感性增加。

1. 核型检测到3号和13号染色体长臂相互易位，可能涉及未知基因重排； 

2. 全基因组重排测序发现CMSS1::FLT1 融合，同时一代测序进一步证实存在CMSS1::FLT1 融合转录本，该融合属于首次发现； 

3. 功能分析：从细胞水平研究融合蛋白定位，融合基因致病机制和药物敏感性，有助于临床治疗方案的选择； 

4. 该例为世界首例CMSS1::FLT1融合基因, 并进行了完善的机制、功能和药敏研究，结果已发表SCI文章（Liying Zhang，et al. American Journal of Hematology, IF: 12.8）。

核型分析(Karyotype)是单细胞水平分析宏观的全基因组变化, 是白血病基因检测的金标准; 可分析染色体倍性、数目和结构的改变，也是发现新的结构重排和基因融合的主要手段; 对肿瘤的诊断、分型、危险度分层、治疗方案的制定以及预后的判断具有独立的价值。

本案例即是通过骨髓核型分析、RT-PCR和一代(Sanger)测序，发现了罕见的NCOR1::LYN 融合基因，并获得有效的靶药治疗（Off-labeling）。

儿童男性患者, 2015年被外院确诊为B急淋, 但第三方检测机构报告核型正常，FISH检测阴性，常见融合PCR检测阴性；化疗后缓解；2015年-2018年 流式细胞术检测微小残留阳性; 进行3年的巩固性化疗；2018年化疗结束6个月后复发，再次化疗效果不佳;    送样至苏州精准医疗进行分子诊断，寻找潜在靶药。

流式发现异常原始细胞占比73%，表达B系和原始标志，不表达T系和髓系标志，符合B-ALL免疫表型。

核型分析发现有一个8和17号染色体易位，提示与NCOR1/LYN基因融合相关。

针对核型结果提示的基因融合, 我们设计了两对引物进行巢式PCR扩増并电泳(左图)，产物做一代测序, 证实了NCOR1/LYN融合(右图)。

血液系统肿瘤DNA NGS(118基因)检测发现NT5C2 突变，频率46.5%，提示对化疗耐药；同时发现NRAS突变，但频率很低，不适合用相关靶药治疗。

1. 患儿骨髓核型分析发现8和17号染色体易位, 该改变仅有一篇文献报道，总共2例病人, 没有相关治疗；

2.定制巢式PCR和一代测序揭示该易位发生了NCOR1::LYN 融合, 导致酪氨酸激酶LYN 激活, 提示可能对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）敏感；

3.  临床使用第二代TKI达沙替尼治疗后, 该患儿状态迅速好转，治疗两周后复查骨髓肿瘤细胞已消失，核型恢复正常， NCOR1/LYN 融合基因转阴，NRAS 和NT5C2 突变消失, 持续观察MRD数年保持阴性；

4.  该例为世界首例用TKI抑制剂有效治疗ALL伴NCOR1::LYN, 结果已发表SCI文章（Hai-Ping Dai，et al. Front Oncol，IF: 4.7）。

核型分析受制于肿瘤细胞体外是否增殖, 显带技术好坏、和分析水平的高低, 因此基因结构性改变需要其它技术进一步验证和补充。SANO血液肿瘤靶基因DNA NGS组套（136基因）包含了WHO、NCCN、FDA、NMPA 、专家共识以及最新文献报道的涉及血液肿瘤具有明确临床意义的所有基因，是血液肿瘤初筛的首选。不仅能够检测常规突变（SNV，Indel），还可以发现染色体和基因拷贝数改变（CNV），这对于单基因或低于核型分辨率的基因拷贝数变异来说非常必要。

本案例是通过DNA NGS的CNV发现RUNX1基因拷贝数缺失，并通过FISH验证了这一结果，证实患者属于遗传性血液肿瘤。

8岁男性患者, 先天性血小板减少，临床诊断为MDS。外院流式：6%髓系原始细胞；外院核型分析：46,XY；外院全外显子测序未检测到血液肿瘤相关基因突变。送样至苏州精准医疗进行分子诊断，进一步明确诊断，评估预后和确定治疗方案。 

骨髓标本中检测到RUNX1和SRSF2 基因病理性突变，均可见于MDS；CNV分析发现RUNX1拷贝数减少，缺失比例接近胚系。

采用口腔拭子、毛囊和外周血（分选B/T细胞）验证，结果均检测到RUNX1缺失，同时外周血采用FISH证实了RUNX1胚系缺失。

患者父母和哥哥外周血标本中均未检测到RUNX1缺失。

患者非肿瘤组织口腔拭子、毛囊及淋巴细胞中出现多个体细胞突变，可能与RUNX1缺失导致的基因功能半量不足和基因组不稳定相关。

1. 骨髓标本DNA NGS检测到RUNX1和SRSF2基因病理性突变， 符合MDS诊断；CNV分析发现RUNX1缺失，但核型分析中没能观察到，缺失比例接近胚系，需排除胚系改变；

2. 采用口腔拭子、毛囊和外周血（分选B细胞和T细胞）验证，结果均检测到RUNX1缺失，同时外周血FISH证实了RUNX1杂合性缺失，符合胚系改变，提示病人遗传性MDS；

3. 但患者的父母和哥哥均未发现RUNX1缺失，所以患者RUNX1胚系缺失可能来源于受精卵或者胚胎早期的新发（de novo）突变。患者非肿瘤组织中出现多个体细胞突变，可能与RUNX1缺失导致的基因功能半量不足和基因组不稳定相关；

5. 本病例提示核型对于单基因拷贝数变异会存在漏检，我们开发的DNA NGS CNV算法可有效评估单基因或者低于核型分辨率的基因拷贝数异常, 对临床诊疗有重要意义。

SANO 靶基因DNA NGS组套包含了WHO、NCCN、FDA、NMPA 、专家共识以及最新文献报道的涉及血液系统或实体肿瘤具有明确临床意义的基因。

血液系统肿瘤 DNANGS 组套（136基因）包含了髓系肿瘤、淋巴瘤和各血液疾病特异性靶基因组套的所有基因, 是血液系统肿瘤疑似病例的首选。不仅能够检测常规突变（SNV，Indel） 和基因拷贝数改变（CNV），还可以敏感检测 IGH & TCR 相关的染色体重排，后者对于淋巴瘤的诊断和预后分层尤其重要。

42岁男性患者，2021年7月因发现淋巴结肿大1年余入院；胸部CT结果显示纵膈、两侧腋窝、膈上、腹腔、腹膜后多发肿大淋巴结；组织活检病理考虑CLL；送样至苏州精准进行分子病理综合检测，以进一步明确诊断、评估预后和确定治疗方案。

流式结果显示异常Igκ限制性弱表达B细胞占有核细胞69.3%，FSC小，提示 CD5-CD10-成熟B细胞淋巴瘤。

核型结果正常，未发现B细胞淋巴瘤常见的IGH 重排。

DNA NGS 检测到IGH-IRF4 基因融合、IRF4 可能病理性突变和IGH 单克隆序列。

FISH检出IGH基因重排，符合NGS结果。

1. 流式结果提示CD5-CD10-B细胞淋巴瘤；

2. 核型结果未发现B细胞淋巴瘤常见的IGH 重排，不排除涉及小片段和未知的染色体重排；

3.  DNA NGS检测到IGH-IRF4 基因融合和IRF4 可能病理性突变。根据2016WHO分类，该病例符合大B细胞淋巴瘤伴IRF4重排；

4. FISH 检测证实了IGH 存在重排，但只有DNA NGS能确定其伙伴基因和单克隆序列，后者可用于MRD跟踪；

5. 本病例提示核型对于隐匿性的染色体重排不敏感，会存在漏检；我们开发的 IGH/TCR 重排DNA NGS可有效发现这类核型隐匿性的重排, 并明确单克隆序列，对临床诊疗有重要意义。

DNA NGS可以检测不产生融合转录本、涉及启动子和/或增强子置换的染色体重排，如IGH/TCR；但融合断裂大多发生在内含子，用DNA NGS容易发生漏检，而RNA NGS则能够检测剪切水平融合及复杂结构融合，更适合于融合基因检测。

SANO 靶基因RNA NGS利用诱饵基因钓鱼技术，不仅能够检测出已知常见的融合基因组合，还能够发现和这些已知诱饵基因发生融合的未知融合基因，帮助病人诊断分型、预后判断和治疗指导的同时还能发现新的临床标志和潜在药物靶点。

42岁女性患者，2021年5月常规妊娠检查发现白细胞减少入院，初步诊断AML，但在其他检测机构做核型分析未见异常，患者接受常规化疗不缓解；送样至苏州精准进行分子病理综合检测，以进一步明确诊断、评估预后和确定治疗方案。

流式发现: 异常髓系原始细胞占有核细胞96.5%，符合AML。

血液系统肿瘤DNA NGS发现染色体1q、5p拷贝数增加，5q拷贝数减少，其中5q缺失常见于AML，属于高危组改变。

RNA NGS检测到 HNRNPH1::ERG 融合基因。

根据RNA NGS断裂位点设计RT-PCR引物，通过一代测序证实存在HNRNPH1::ERG融合转录本。

1. 流式结果发现异常髓系原始细胞占有核细胞96.5%，考虑AML；

2. DNA NGS发现染色体1q、5p拷贝数增加和5q拷贝数减少；5q缺失常见于AML，属于高危组改变，未发现其他病理性突变；

3. RNA NGS检测到 HNRNPH1::ERG 融合基因，并获得Sanger测序验证；该融合基因属罕见，仅在两例儿童AML中报道过；

4. 据文献报道，FUS::ERG重排患者对化疗反应差，但可以通过ATRA诱导肿瘤细胞分化，从而降低肿瘤细胞负荷（PMID: 26148230），提示该患者可能对ATRA治疗敏感；

5. 本病例证明 DNA/RNA NGS 是血液肿瘤病人必检项目，特别是对于常规化疗不敏感的高危血液肿瘤患者，具有重要的诊疗意义。该结果已发表SCI文章（Feiling Jiang，et al. Genes Chromosomes Cancer，IF: 3.7）。