实体肿瘤全景DNAseq PLUS（638基因）

DNA NGS

638个靶基因：①SNV、InDel、常见融合和CNV；②全基因组CNV&LOH；③MSI、TMB、HLA分型、HRD和化疗药；④AI肿瘤原发灶预测。

◆ 辅助临床诊断：① 胚胎型横纹肌肉瘤（ERMS）：散发ERMS中会出现染色体数目或结构变异，例如8、2、11、12、13、20号染色体多拷贝，10、15号染色体丢失。其中11p15.5的杂合缺失会影响编码生长因子（IGF2）和生长抑制因子（H19和CDKN1C）的基因。ERMS中也发现了体细胞驱动突变，包括RAS通路相关基因（NRAS、KRAS、HRAS、NF1、FGFR4），PIK通路相关基因（PTEN、PIK3CA），和细胞循环控制基因（FBXW7、CTNNB1）。1/3的ERMS中都有RAS突变，其中HRAS集中在婴儿中，NRAS主要在成年人中。10%的ERMS含有NF1突变，BCOR的点突变或部份纯合缺失出现在15%的ERMS病例中，TP53突变则出现在10%的病例中；② 腺泡型横纹肌肉瘤（ARMS）：大部分ARMS带有PAX3::FOXO1（70-90%）融合，小部分为PAX7::FOXO1（10-30%）融合。PAX3::FOXO4、PAX3::NCOA1、PAX3::NCOA2、FOXO1::FGFR1等融合较为少见。PAX3::FOXO1融合患者中通常伴有2p24（包含MYCN）和12q13-14（包含CDK4）的扩增，而PAX7::FOXO1融合患者则有1p36（包括了PAX7）和13q31（包含MIR17HG）扩增。散发的ARSM有一小部分包含了TP53或CDKN2A/B的失活突变和FGFR4的激活突变。绝大部分ARMS中包含ALK基因扩增；③ 多行型横纹肌肉瘤（PRMS）：具有复杂核型，暂无特征性遗传改变，且与未分化多形性肉瘤的基因谱无法区分；④ 梭形细胞/硬化型横纹肌肉瘤（SRMS）：该类型需要通过分子遗传学手段将其细分到各亚型。部分先天性梭形细胞RMS以带有VGLL2, SRF, TEAD1, NCOA2和CITED2基因融合为特征，MYOD1突变的SRMS则带有MYOD1 p.Leu122Arg基因突变为特征，骨内梭形细胞RMS（含TFCP2/NCOA2重排）没有特征性基因改变，但最近报道的骨内梭形细胞RMS发现了两种重现基因融合，一种是EWSR1或FUS基因与TFCP2基因融合，另一种是MEIS1::NCOA2融合； ◆ 指导靶向用药：① NTRK融合患者可能对其抑制剂敏感（如：拉罗替尼Larotrectinib）。② TFCP2融合的骨内梭形细胞RMS可能存在特殊的ALK长缺失变体，可能对ALK抑制剂（如：克唑替尼Crizotinib）治疗敏感； ◆ 评估免疫治疗：① 一般认为TMB高的肿瘤可能产生更多的肿瘤新生抗原（Neoantigens）。TMB高的患者（TMB≥10muts/Mb）比TMB低的患者对PD-1/PD-L1免疫抑制治疗更加敏感；② MSI-H表型的晚期实体肿瘤倾向于从免疫检查点抑制剂疗法（PD-1/PD-L1抑制剂）中获益；③ HLA-I（HLA-A、HLA-B、HLA-C）杂合性与免疫治疗后生存期的增加相关，三个基因全部杂合的位点对免疫治疗更敏感。HLA-I杂合与TMB高的患者比单独TMB高的患者也具有更高的生存率； ◆ 遗传风险评估：遗传风险评估：① 帮助有肿瘤家族史的高危人群提早进行肿瘤发生风险的评估，提供早期的预防干预方案，降低患病风险；② 对有家族遗传史或生育过患儿的并夫妇进行生育指导，有助于避免严重遗传病患儿的出生；③ 为临床实现精准的肿瘤个性化诊断及遗传咨询提供依据。如：Li-Fraumeni综合征（胚系TP53致病突变所致）表现为明显的家族聚集性、肿瘤早发性以及肿瘤类型多样性（如软组织肉瘤、骨肉瘤、乳腺癌、白血病、脑瘤和肾上腺皮质肿瘤）。TP53突变的个体中，软组织肉瘤的发病率为12%-21%。携带胚系TP53致病突变的患者，应尽量避免使用放疗或具有基因毒性的化疗药物，以防促进新的原发肿瘤出现，并建议每年进行全身MRI监测； ◆ 指导化疗用药：① 基于PharmGKB数据库，检测了2级及以上等级证据支持的化疗有关基因的SNP位点，预测化疗药物的毒性与有效性；② 在精准化疗之前，可进行化疗药物相关基因检测，从而制定个体化的化疗方案，以做到最大的化疗效果和最小的药物不良反应；③ UMPS、DPYD、ERCC1、MTHFR等基因可评估化疗药物的敏感性和毒性。

初诊、转移或复发肿瘤患者。

10个工作日

石蜡切片/固定组织/外周血/口腔拭子

◆ 石蜡切片：10-15张，4-5μm厚，非粘附载玻片；或 ◆ 固定组织：穿刺组织不少于2条（长度≥5mm），或 手术组织 0.5×0.5×0.5~1cm（黄豆大小），10%中性福尔马林固定；和 ◆ 胚系对照：外周血，EDTA抗凝，≥2ml；或 口腔拭子 ≥2根

室温（15-25℃）保存，48小时内送检