实体肿瘤全景DNAseq(638基因)
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检测项目:
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检测方法:
DNA NGS
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检测内容:
638个靶基因:①SNV、InDel、常见融合;②靶基因CNV;③MSI、TMB、HLA分型、HRD和化疗药。
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临床意义:
◆ 辅助临床诊断:① 与膀胱癌有关的癌基因包括HER-2、HRAS、BCL-2、FGFR3、c-MYC、MDM2、MSH2等;② 编码调节细胞生长、DNA修复或凋亡的蛋白抑制基因失活,使DNA受损的细胞不发生凋亡,导致细胞生长失控。如P53、RB、P21等抑癌基因的17、13及9号染色体的缺失或杂合性丢失与膀胱癌的发生有关系;③ 膀胱癌是继肺癌和皮肤癌后突变率最高的癌症之一,其中最主要的是编码端粒酶逆转录酶(TERT)的基因启动子的突变,发生频率为70%-80%;④ 一般认为9号染色体杂合性缺失(LOH)为乳头状表浅膀胱癌的唯一遗传改变;⑤ 17p的缺失常出现于浸润性膀胱癌,而8p的缺失与乳头状非浸润性膀胱癌进展相关; ◆ 指导靶向用药:① FDA批准厄达替尼,用于携带特定成纤维细胞生长因子受体(FGFR)基因改变的局部晚期或转移性尿路上皮癌(mUC)成人患者,具体为:携带易感FGFR3或FGFR2基因改变、并且接受至少一种含铂化疗期间或之后(包括新辅助或辅助含铂化疗12个月内)病情进展的局部晚期或转移性UC成人患者; ◆ 评估免疫治疗:① 一般认为TMB高的肿瘤可能产生更多的肿瘤新生抗原(Neoantigens)。TMB高的患者(TMB≥10muts/Mb)比TMB低的患者对PD-1/PD-L1免疫抑制治疗更加敏感;② MSI-H表型的晚期实体肿瘤倾向于从免疫检查点抑制剂疗法(PD-1/PD-L1抑制剂)中获益;③ HLA-I(HLA-A、HLA-B、HLA-C)杂合性与免疫治疗后生存期的增加相关,三个基因全部杂合的位点对免疫治疗更敏感。HLA-I杂合与TMB高的患者比单独TMB高的患者也具有更高的生存率; ◆ 遗传风险评估:① 帮助有肿瘤家族史的高危人群提早进行肿瘤发生风险的评估,提供早期的预防干预方案,降低患病风险;② 对有家族遗传史或生育过患儿的并夫妇进行生育指导,有助于避免严重遗传病患儿的出生;③ 为临床实现精准的肿瘤个性化诊断及遗传咨询提供依据; ◆ 指导化疗用药:① 基于PharmGKB数据库,检测了2级及以上等级证据支持的化疗有关基因的SNP位点,预测化疗药物的毒性与有效性;② 在精准化疗之前,可进行化疗药物相关基因检测,从而制定个体化的化疗方案,以达到最大的化疗效果和最小的药物不良反应。
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适用人群:
初诊、转移或复发肿瘤患者(尤其适合转移/复发/靶药耐药进展患者)。
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报告时间:
10个工作日
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样本类型:
石蜡切片/固定组织/外周血/口腔拭子
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采集要求:
◆ 石蜡切片:10-15张,4-5μm厚,非粘附载玻片;或 ◆ 固定组织:穿刺组织不少于2条(长度≥5mm),或 手术组织 0.5×0.5×0.5~1cm(黄豆大小),10%中性福尔马林固定;和 ◆ 胚系对照:外周血,EDTA抗凝,≥2ml;或 口腔拭子 ≥2根
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保存和运输:
室温(15-25℃)保存,48小时内送检